La vincitrice della coppa Intertoto sarà quella che tra le 11 effettuerà il cammino più lungo in Coppa Uefa.

Ecco il calendario

Andata intertoto terzo turno 19 20 luglio 2008
Ritorno intertoto terzo turno 26 27 luglio 2008

Bnei Sakhnin FC (ISR) - RC Deportivo La Coruña (ESP) a. 1-2  | r. 0-1
Panionios GSS (GRE) - SSC Napoli (ITA) a. 0-1  | r. 0-1
Sivasspor (TUR) - SC Braga (POR) a. 0-2  | r. 0-3
Grasshopper-Club (SUI) - PFC Chernomorets Burgas (BUL) a. 3-0  | r. 1-0
FC Saturn Moskovskaya Oblast (RUS) - VfB Stuttgart (GER) a. 1-0  | r. 0-3
PFC Neftçi (AZE) - SC Vaslui (ROU) a. 2-1  | r. 0-2
Stade Rennais FC (FRA) - SC Tavriya Simferopol (UKR) a. 1-0  | r. 1-1
SK Sturm Graz (AUT) - Budapest Honvéd FC (HUN) a. 0-0  | r. 2-1
NAC Breda (NED) - Rosenborg BK (NOR) a. 1-0  | r. 0-2
Odense BK (DEN) - Aston Villa FC (ENG) a. 2-2  | r. 0-1
IF Elfsborg (SWE) - FK Rīga (LVA)  a. 1-0  | r. 0-0

-> I primi due turtni si sono chiusi così:

Primo turno 21 - 29 giugno 2008
Besa (gt) 1-1 Ethnikos Achnas 0-0 » 1-1
Čelik 4-4 Grbalj (gt) 3-2 » 1-2
Rijeka 0-2 Renova 0-0 » 0-2
Hibernians 0-3 Gorica 0-3 » 0-0
MIKA 2-2 Tiraspol (gt) 2-2 » 0-0
Neftçi (gt) 3-3 Nitra 2-0 » 1-3
Etzella (gt) 2-2 Lokomotivi Tbilisi 0-0 » 2-2
Bohemians 9-3 Rhyl 5-1 » 4-2
Lisburn 3-6 TPS 2-3 » 1-3
FK Rīga 3-2 Fylkir 1-2 » 2-0
Cracovia 1-5 Shakhtyor Soligorsk 1-2 » 0-3
Ekranas 4-0 Trans 1-0 » 3-0
HB 1-4 Elfsborg 1-4 » 0-0
Zhetysu 3-6 Honvéd 1-2 » 2-4

Secondo turno 05 - 13 luglio 2008
Chernomorets Burgas - Gorica 1-1 » 12/07
Grasshoppers - Besa 2-1 » 12/07
Germinal Beerschot - Neftçi 1-1 » 12/07
Teplice - Honvéd 1-3 » 12/07
Saturn - Etzella 7-0 » 13/07
Tiraspol - Tavriya 0-0 » 13/07
Sturm - Shakhtyor Soligorsk 2-0 » 13/07
Grbalj - Sivasspor 2-2 » 13/07
Renova - Bnei Sakhnin 1-2 » 12/07
Hibernian - Elfsborg 0-2 » 12/07
FK Rīga - Bohemians 1-0 » 12/07
Ekranas - Rosenborg 1-3 » 13/07
TPS - OB 1-2 » 13/07
OFK - Panionios 1-0 » 13/07